Центр охраны дикой природы был основан в 1992 г. Учредитель Центра — Социально-экологический союз — международное экологическое объединение. На протяжении всего времени существования Центр стремился решать наиболее актуальные природоохранные задачи, которые назревали в тот или иной период жизни страны.

В 1992—1994 гг. его сотрудники концентрировали свои усилия на сохранении уже имеющихся достижений в охране природы России.

В 1995—1996 гг. Центр занимается организацией общественных дебатов по вопросам формирования политики в природоохранной области. Важным шагом стала работа по проведению массовых кампаний по поддержке охраняемых территорий, были опробованы некоторые модели работы с бизнесом.

С 1997 г. Центр разрабатывает стратегии управления национальными парками и заповедниками России, содействует развитию взаимоотношений специалистов в области охраны природы и культурного наследия, расширением сотрудничества со СМИ, занимается вопросами продвижения добровольной лесной сертификации FSC.

В последние время ЦОДП много внимания уделяет вопросам природоохранного движения, выявлению ценных природных комплексов в различных регионах России и мира. Занимается вопросами экологии в лесной политике страны и разработкой стратегии охраны и сохранения редких видов животных, формированием баз данных наиболее важной информации по вопросам сохранения живой природы, применением эффективных технологий для экологического образования и просвещения населения страны.