Зарегистрирован этот союз в 1999 году, как республиканская общественная организация. Основными направлениями своей деятельности считают.
Поддержка и проведение акций в поддержку экологических норм и правил. Правовая поддержка природоохранных мероприятий, а также экологический контроль. Координация различных экологических мероприятий. Общественный эко контроль и народная экспертиза. Обеспечение общественности достоверной информации экологического характера. Активная поддержка экологического предпринимательства. Правовая защита, как экологических интересов жителей, так и экологов в частности. Охрана окружающей среды и природопользование.
Союз экологов Башкортостана принимал участи е следующий мероприятиях: Организация опубликовала и бесплатно раздала примерно двадцать  нормативно-правовых и аналитических сборника. Сюда же входят и монографии по вопросам охраны окружающей среды. Регулярно проводятся семинары, конференции и совещания, которые посвящены вопросам окружающей среды, а также вопросам экологической безопасности края и России в целом. Союз сотрудничает с органами местного самоуправления, средствами массовой информации и различными общественными организациями, а также рядом научных учреждений. Постоянно публикуются материалы по охране окружающей среды как в местной, так и в региональной прессе.